成长后体盘宽可达3m左右,是燕魟类之一。头部的一对头鳍是由胸鳍衍生而来。通常头鳍会卷曲起来,看起来像是两只角一样。与同样拥有头鳍的阿氏前口蝠鲼及双吻前口蝠鲼外型相似,不同之处在于这两种鬼蝠魟的嘴巴开口朝向头部前端,日本蝠魟的嘴巴开口则是稍为朝向腹面。
水族馆内介绍