沖繩美麗海水族館實行環境省的「稀有種保育動植物園認定」等制度，推行生物保育工作。
水族館並非只是生物的展示養育空間，同時也進行著調查研究的工作。
動植物園等機構在保護和復育稀有有野生動植物物種、推廣環境教育和普及宣傳等方面，符合特定標準，可申請由日本環境省大臣認定為「稀有種保育動植物園」。
沖繩美麗海水族館保護稀有物種，旨在將經過治療和康復的個體送回野外。
