在沖繩的水邊展示區，展示了棲息於溪流上游流域的「環帶黃瓜鰕虎（Sicyopus zosterophorus）」，以及棲息於下游流域的稀有物種「金黃叉舌鰕虎（Glossogobius aureus）」等魚類。此外這個展區也展示了瀕臨絕種的「琉球山龜（Geoemyda japonica）」，本種被日本環境省列為國內稀有野生動植物，並被指定為國家天然紀念物。還有被列為國內稀有野生動植物和沖繩縣天然紀念物的「黑岩氏瞼虎（Goniurosaurus kuroiwae）」，以及在沖繩縣紅色名錄中瀕臨絕種、被指定為日本滅絕危險ⅠA類（CR＋EN）的蝸牛物種，如僅分布在北大東島的「Nesiohelix omphalina bipyramidalis」、僅分布在南大東島的「Nesiohelix omphalina omphalina」和僅分布在沖繩島南部的「Satsuma amanoi」等陸生貝類。

2024年1月時的水槽情報